三天后，北海水师日夜不停终于把船队上的物资卸到南社，给南社带来了六千陕西、河南的流民，随后就开始北归。
此时的台湾岛南社，已有数万屯垦的百姓，主要是福建、广东百姓居多，有少部分浙江和南直隶百姓，现在袁枢又开始运送北方的百姓过来，现有的土地空间已日渐不足。
郑芝龙和熊文灿商量后，决定向北开拓，暂时先不招惹南面的荷兰人。
南社北面是台湾岛原住民的聚落，共有二十七个村落，被台湾岛上的人合称为“大肚王国”。
郑芝龙派遣使者到大肚王国面见原住民首领，宣读皇帝旨意，要求原住民接受官府的管理。原住民首领不仅不接受，还残忍杀害了明廷使者。
郑芝龙大怒，派军攻打大肚王国，摧毁他们的村寨，占领沿海平原地带，将他们驱离到山中。郑芝龙命人沿着屯垦的边界建造寨墙，建设了望台，来防备原住民的袭扰。并给屯民配发武器装备，让他们组织乡勇、自行训练备战，无须依赖南海水师的保护。
安排好台湾岛上的事情后，郑芝龙遵循朱由校的指令，命郑芝莞和甘辉留守金门岛水寨，自己亲率水师主力南下会合郑芝豹、郑芝凤和施大瑄，在香港休整补充之后到达广东琼州府。
在琼州府宣读了皇帝圣旨，任命李若星为琼州府知府，李若星带来数十名官员，全面接手琼州府政务。
在琼州府崖州东南海岸选址建立水寨，命施大瑄主持崖州水寨的建设后，郑芝龙率船队南下，跨过南海，到达旧港。
在旧港，郑芝龙的队伍受到当地民众的热烈欢迎。旧港当地居住着为数众多的华人，他们聚集在海边。
郑芝龙当众宣读了朱由校的圣旨，宣布重开“旧港宣慰使司”，从当地华人中选举宣慰使，并任命顾锡畴为旧港宣慰使司副使。
“感谢上天！感谢大明！吾皇终于回来了！”
“俄卒之又翻到祖国嘎怀抱啦！”
“呜呜呜……瓦终衣又使轴郭弟叠命料！”
“崖兜有德望衣！”
……
这些黑头发、黄皮肤的平头百姓，操着广东、闽南等各地口音，向北跪拜。
大明在南洋中断了两百多年的统治管理，在天启九年终于恢复。
郑芝龙先在旧港选定了一名当地有威望的人为旧港宣慰使，然后率部北上淡马锡，选址建立水寨，控制满刺加一带海域。
安定下来后，郑芝龙遣人手持大明使节和官印，通告南洋各地方、各国王，商议建交和通商事宜。
一时之间，南洋地区各国王纷纷遣使来觐见，不少国家表示请求恢复朝贡关系，重新成为大明的藩属国。
郑芝龙一一接见了这些使者，并代皇帝接受他们的请求，然后大肆在这些国家和地区收购粮食。这边的粮食产量非常高，稻谷一年两熟是常态，一年三熟也比比皆是，粮食价格也是非常低廉。
前两年在苏州府一带白米的售价大约是一至一点五两每石，今年由于有人恶意哄抬价格，涨到二点五至三点五两。这个离谱的价格在南洋一些国家大批量收购可以买到十倍的量。
郑芝龙这次来南洋带来了五十艘新式运输船，是胶州造船厂的船匠通过改造漕运船而来。原来的内河漕运船，最大的运载量大约也只是三百石左右，现在新式的运输船是平底沙船，每艘最大运载量在三千石左右。
山东登莱船务工程第一期已经全部完工，二期工程也已经接近尾声。整个胶州湾热火朝天，不断制造、改进着各种船只。由于人力充足、材料丰富、设施完备，且工艺流程已经非常优化和熟练，胶州湾各个造船厂每个月都有新船只下水试航。只要材料充足，大约每半年胶州湾就能产出一支中小规模的船队，如此快的生产下水速度，也被船工船匠们戏称为“下饺子”。
同时，浙江、福建一带也在进行着更大规模的船务工程，建设更多造船厂和船坞，未来大明的造船业规模必然世界领先，商船队和舰队也必将航行全球。
为了保护大明的商船和运输船，郑芝龙在南洋一带展开了大规模的海盗清剿行动。首先发布招安通告，勒令限时投降，然后再进军围剿。
在南洋这边的海盗，实力比较强的海盗集团大部分都是华人主导的，这些海盗基本上都是因为大明禁海，又有大明水师的围剿，在大明实在生存不下去才来到南洋这异国他乡求生的。只是不曾料到反而在这人生地不熟的地方遍地开花，越活越滋润，有人甚至发展壮大到独立建国当国王。
郑家以前就时常活跃于南洋，在南洋也有很大的势力，这给南海水师的行动提供了极大的便利。南海水师中原本就有不少南洋土生土长的人，之前因为商贸等事务也认识结交了许多有钱有势的当地人，所以南海水师在南洋的人脉非常广。
原本郑芝龙在福建、广东等地抠抠搜搜，又从东海水师借调了大量船只，才集结了五百艘战船和两百艘各式货船。结果南海水师在南洋一发布招安通告，大量海盗纷纷来，短短两个月，南海水师的船只就突破了一千艘。
郑芝龙要把从南洋收购的粮食运回台湾，再转运到京师，原计划也就只有一百艘运粮船可以用，在南洋几个月，可用运粮船的数量就增加到超过了三百艘，使得实际漕运量大大提升。
在开始建设旧港水寨的同时，郑芝龙遵照朱由校旨意，设立“南洋军指挥使司”，招募当地人组建“南洋军”，又设立“南洋水师指挥使司”，组建“南洋水师”。
郑芝龙深深感觉到，当今圣上不是要恢复永乐年间那种浅薄的“三宣六慰”的羁縻制度，而是想要在南洋建立永久性的经营管理，把南洋逐步融合、建设成为大明真正的领土。
皇帝有这样开疆拓土的雄心壮志，使得郑芝龙内心深深痴迷，“建功立业、光宗耀祖、驰骋边疆、环球巡航”，也许不是一句空话。